מחפרת שאיבה חותך מורכבת בעיקר מהחלקים הבאים:
1. גוף: הגוף הראשי של מטוס המחפר. גודלו וצורתו משתנים בהתאם לעומק החפירה וליכולת פליטת הבוצה.
2. דלי: מרכיב הליבה של מחפר. הוא מורכב משני להבים מסתובבים שנלחצים זה בזה כדי ליצור מקדחה, תוך שימוש בסיבוב כדי לחפור סחף ולהוביל אותו לבית המשאבה.
3. בית המשאבה: המרכז לטיפול בבוצה של המחפרת. הוא מכיל משאבות ומערכת מים לטיפול, האכלה ופריקה של בוצה.
4. חדר בקרה: מרכז התפעול של מחפרת החותך. היא שולטת על מערכת הטיפול בדלי ובבוצה, ומפקחת על תפעול ותחזוקה של המפרקת.