מחפר הוא כלי שיט הנדסי המשמש לחפירת נהרות, נמלים, אגמים ושאר גופי מים. הוא מנקה או מרחיב את דרכי המים בעיקר על ידי חפירה, יניקה פנימה והובלת סחף. ניתן לחלק את עקרון העבודה שלו לשלבים הבאים:
חפירה ויניקה: מחפרות מצוידות בדרך כלל בכלי חפירה (כגון חותכים, דליים או ראשי יניקה), אשר מתסיסים ומפרקים את הסחף בתחתית המים באמצעות סיבוב או תנועה הדדית. לאחר מכן, מערכת משאבות רבת עוצמה יונקת את תערובת הסחף והמים (כלומר, תרחיץ) לתוך צינור.
הובלת תבלין: הסילוף הנשאב- מועבר למיקום המיועד דרך מערכת צינורות. הצינור יכול להיות צף או קבוע, בהתאם לסביבת ההפעלה ולמרחק. במהלך ההובלה, יש לשלוט בקצב הזרימה והריכוז של התרחיץ בטווח סביר כדי להבטיח הובלה יעילה (בדרך כלל קצב זרימה של 3-5 מ"ש וריכוז של כ-20-30%).
הפרדה והפרשה: לאחר הובלת הסילוף ליעדה, ייתכן שיהיה צורך להפריד את הסחף מהמים. ציוד הפרדה (כגון הידרוציקלונים או מיכלי שיקוע) מפריד משקעים למים. המשקעים יכולים לשמש להטמנה או לאגירה, בעוד שניתן למחזר את המים או להזרים אותם בחזרה לגוף המים.